Para remover arquivos ou pastas do sistema utilizando SSH, você precisa do comando: rm

a sintaxe do comando é muito simples, após fazer o login no PuTTY(ou qualquer outro programa de SSH) utilize o seguinte comando:

rm arquivo01.txt arquivo02.txt arquivo03.txt … etc..

Ou podemos usar o operador coringa (*), apagando tudo que tiver a extensão .txt, ficando assim:

rm *.txt

Para apagar uma pasta inteira de forma recursiva, utilize:

rm -rf nomedapasta/

Para apagar todos os arquivos e pastas do diretório atual, utilize:

rm -rf *

Obs: tome muito cuidado ao utilizar o comando rm, a ação é irreversível!